La capilla se construyó originalmente como santuario para barcos durante el reinado de Hatshepsut. Fue la quinta faraona de la XVIII Dinastía, entre 1479 y 1458 a.C. Fue demolida en la antigüedad y sus partes se reutilizaron en otros proyectos. Sin embargo, tras su redescubrimiento en época moderna, la capilla se reconstruyó en 1997 con sus materiales originales.
La ubicación original de la capilla pudo ser el patio central del templo de Amón en Karnak, cerca de Tebas. Otra posibilidad es que estuviera situada entre los dos obeliscos de Hatshepsut. También se cree que Hatshepsut erigió varias capillas más pequeñas y las Cámaras de Hatshepsut detrás de la capilla.
Los antiguos egipcios creían que se utilizaba una barca sagrada en un viaje nocturno de la deidad del sol, que viajaba desde el horizonte occidental al atardecer, detrás de la tierra, hasta el horizonte oriental, donde se produciría el amanecer. A principios de la XVIII dinastía, la deidad del sol era Amón. Durante las ceremonias religiosas, la deidad era transportada de un templo o sección de un complejo de templos a otro en una maqueta que el faraón y otros líderes religiosos guardaban para tales ceremonias religiosas. La capilla habría sido su templo sagrado.
También se creía que una barca transportaba a los muertos al más allá y que las reales llevarían al faraón en un viaje para convertirse en deidad. Con el tiempo, además de relieves y pinturas de las barcas, se colocaron maquetas en las tumbas de los faraones, la realeza y todos aquellos que podían permitirse una para su entierro.
La capilla consta de dos patios abiertos y mide unos 18 m de largo, 6 m de ancho y 5,5 m de alto. Su parte superior es de cuarcita roja (de ahí el nombre); los cimientos son de diorita negra. En su construcción también se utilizó granito negro y diorita gris. En el centro del primero de los tres patios que contiene la capilla hay una pila, probablemente utilizada para sostener un modelo de barco. En el centro del patio interior, dos losas rectangulares de piedra señalan los lugares donde podrían haberse colocado estatuas o embarcaciones.
La capilla se erigió en el templo de Karnak, en el santuario de Amón-Ra, y se colocó inmediatamente delante de un templo de adobe y piedra caliza que quedaba del Reino Medio. Al norte y al sur de la capilla había un conjunto de pequeños santuarios de culto de arenisca conocidos como la Suite Hatshepsut, cuyas decoraciones representaban a Hatshepsut haciendo ofrendas a las deidades. La capilla constaba de dos salas, un vestíbulo y un presbiterio, que estaban elevados sobre una plataforma de diorita y a los que se podía acceder mediante cortas rampas a ambos lados. La finalidad de la capilla era albergar el Userhat-Amun, la barca que se creía que la deidad Amón utilizaba para viajar en los días de fiesta.
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