Nació en 186 a.C. y asumió el cargo de su padre a la edad de seis años, en 180 a.C. Tras su matrimonio en 175 a.C., él y su hermana Cleopatra II fueron coronados dioses Filométor.
Ptolomeo el Sexto fue declarado rey al trono, el nombre del título es Philomator (que significa el amante de su madre), y su hermana Cleopatra II y su hermano menor Ptolomeo VII participaron con él en el gobierno. Durante su reinado, Roma (aliada de Egipto) atacó al antiguo reino de Macedonia y entabló una gran guerra con el ejército de Perseo, el rey del antiguo reino de Macedonia. El rey de Siria preocupó a Roma, que Egipto está bajo su control, ocupó Egipto por completo, y lo siguió a su dominio, y tomó Ptolomeo VI el joven cautivo, y se declaró rey sobre el Valle del Nilo. Ptolomeo VI tomó el poder bajo la tutela de su madre, la reina Cleopatra I, hasta el año 176 a.C. M . Cuando la reina madre murió, Ptolomeo VI se convirtió en el único gobernante y dos de los esclavos liberados de palacio tomaron el relevo, a saber, "Julio" y "Linneo". Cuando el rey cumplió los quince años, se casó con su hermana, "Cleopatra II", y se coronó rey en el año 172 a.C. M . Llevaba el apodo de "Filómetro", que significa amante de su madre.
La política exterior de Ptolomeo VI, y Ptolomeo VI asumiendo el trono, la política exterior de Egipto cambió. Cleopatra I reclamaba la neutralidad de Egipto y el apaciguamiento de los seléucidas. Antíoco IV, el rey del estado seléucida, todas las posibilidades de paz al negarse a seguir pagando las rentas de la subregión de Siria a los Ptolomeos según lo acordado en la amistad de su hermana al casarse con Ptolomeo V, y negaba por completo la existencia de cualquier tratado que diera a los Ptolomeos la propiedad de esta región, y por otro lado Antíoco IV tenía la esperanza de apoderarse de Egipto, o al menos imponer su tutela sobre él. Mientras tanto, Roma se preparaba para librar una nueva guerra contra el estado macedonio, por lo que envió una embajada a Filométor y Antíoco IV para comprobar su posición durante esta guerra, y los dos reyes aseguraron a los embajadores romanos que mantendrían su lealtad a Roma. Cuando la guerra entre los Ptolomeos y los Seléucidas estaba a punto de tener lugar, cada una de las dos partes en conflicto envió una misión diplomática a Roma, y los enviados de Antíoco al Senado hablaron de desafiar a los Ptolomeos y sus principios de agresión. En cuanto a los enviados ptolemaicos, se les encomendó renovar la amistad entre Egipto y Roma. Estas dos embajadas indican el alcance de la influencia de Roma en el Mediterráneo oriental, y Roma debió de emplear toda su astucia política en alimentar la guerra entre los Ptolomeos y los Seléucidas para asegurarse de que se debilitaran juntos y no interfirieran en su guerra contra Macedonia.