El monasterio fue fundado en el año 360 DC por San Macario de Egipto, que fue el padre espiritual de más de 4.000 monjes de diferentes nacionalidades. Desde su Fundación en el siglo IV, ha sido habitada continuamente por monjes, es decir, varios Santos cristianos y los primeros padres de la Iglesia eran monjes en el monasterio de San Macario.
Casi desde sus inicios, el monasterio entró en una época de restauración, tanto espiritual como arquitectónica, con la llegada de doce monjes bajo la dirección espiritual del padre Matta el Mesquín. Estos monjes pasaron los últimos diez años viviendo juntos en total aislamiento del mundo, en las cuevas desiertas de Wadi el-Ryan, a unos 50 km (31 millas) al sur de Fayum, hasta que se les ordenó abandonar Wadi el-Ryan y dirigirse al monasterio de San Macario el Grande para su restauración.
Bajo el Papa Shenud III, después de catorce años de actividad constante tanto en la reconstrucción como en la renovación espiritual y arquitectónica, la comunidad monástica del monasterio de San Macario cuenta con unos cien monjes.
El monasterio de San Macario mantiene relaciones espirituales, académicas y fraternales con muchos monasterios en el extranjero. Incluyendo el monasterio de Chevetogne en Bélgica, el monasterio de la transfiguración en Francia, la comunidad monástica de Bose en Italia, Deir el ARF en el Líbano y el monasterio de la Encarnación en Inglaterra.
Esta iglesia no reconoce la primacía del Patriarca de Constantinopla y no está en comunión con las iglesias ortodoxas europeas. Tiene su origen en la predicación de San Marcos, el evangelista que trajo el cristianismo a Egipto durante la época del emperador Nerón. Ella tiene su Padre, su libro sagrado, la Biblia y sus Canciones.
La iglesia y el refectorio o comedor del monasterio tienen enormes cúpulas redondas y otras cúpulas cuadradas de ladrillo, con una escotilla en la parte superior para iluminar las habitaciones.
El acabado de madera de las puertas, paredes e iconostasio tiene detalles impresionantes con incrustaciones finas de conchas o nácar.
El monasterio de San Macario el Grande alberga las reliquias de muchos Santos, por ejemplo, los cuarenta y nueve mártires de Cetis. Y podemos decir que durante la restauración de la gran iglesia de San Macario, bajo el muro Norte de la iglesia, se descubrió la cripta de San Juan Bautista y la cripta del profeta Eliseo, según el lugar indicado en los manuscritos de los siglos XI-XVI encontrados en la biblioteca del monasterio. Las reliquias fueron reunidas en un arca especial y colocadas frente al santuario de San Juan Bautista en la iglesia de San Macario. El monasterio publicó un informe detallado sobre este hallazgo y una evaluación de la autenticidad de las reliquias.