Los ritos religiosos siguieron celebrándose en esta gran mezquita, y no se suspendieron hasta principios del siglo XVI d.C., debido a su amplia superficie y a la incapacidad del Estado para gastar en ella, y uno de los resultados de ello fue que el estado de la mezquita empeoró y quedó destruida, por lo que los otomanos la convirtieron en almacén de misiones de guerra, como tiendas de campaña sillas de montar, y otros, y durante la época de la campaña francesa La mezquita se convirtió en un castillo y cuarteles para los soldados, y la mezquita era conocida en ese momento como el Castillo Sikovsky, y en la época de Muhammad Ali, la mezquita se convirtió en un campamento para una secta y una panadería para las raciones, y luego fue utilizado después de eso como una fábrica de jabón.
En el año 1812, las columnas de mármol de la mezquita, así como algunas de sus piedras, se trasladaron para construir el pórtico de Al-Sharaqwa en la mezquita de Al-Azhar, por deseo del jeque Al-Sharqawi, como se menciona en el libro "Mosques of Egypt and Their Righteous Guardians". La ocupación británica fue una panadería y luego un altar, y era conocido y sigue siendo el "altar de los ingleses", aunque las matanzas habían cesado desde 1915 d.C.
En 1918, el Comité para la Preservación de las Antigüedades Árabes se hizo cargo de la mezquita, por lo que reparó y restauró algunas de sus partes, especialmente la que rodea el mihrab, y la convirtió en capilla.
A pesar de lo que la mezquita de Baybars sufrió por el abandono y el mal uso, como ya se ha mencionado, sigue atrayendo la admiración de los observadores por la belleza de su arquitectura y la grandeza de sus edificios, que aparecen a primera vista en su entrada conmemorativa y sus inscripciones en estuco.
La mezquita consta de una plaza de 100 metros de lado y está rodeada por un muro de piedra de 11 metros de altura. El muro está rematado por balcones de un metro y medio de altura, parte de los cuales aún se conservan en el lado sur de la mezquita. Los pilares de la mezquita se reforzaron desde el exterior con cuatro torres, dos cuadradas a ambos lados del lado oriental y las otras dos rectangulares, y las torres son macizas, salvo la que ocupa la esquina suroeste, que es hueca, ya que está ocupada por una escalera que conduce al tejado de la mezquita. En la última torre se abrieron cuatro pequeñas ventanas en el lado oeste, dos en el lado sur y dos en el lado este, así como la solidez del muro exterior con pilares.
La mezquita contiene tres entradas conmemorativas destacadas en el muro exterior, la principal de las cuales se encuentra en el centro del lado occidental, mientras que las entradas norte y sur están sólo en el centro del patio de la mezquita.
Como se dice en el libro "Mosques of Egypt and Their Righteous Guardians", la entrada principal se considera una maravillosa obra maestra arquitectónica, ya que mide aproximadamente 12 metros de ancho, y en el centro de la entrada hay una puerta con nudo de 3,95 metros de ancho y decorada con castañuelas lobuladas, y estaba centrada sobre dos columnas de mármol que ahora se han perdido, y a ambos lados de esta puerta hay En la parte inferior hay dos arcos rectangulares rematados por dos filas de colgantes, y dentro de ellos hay dos cavidades coronadas por un arco lobulado.
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