Общеизвестно, что мечеть построена над могилой леди Зайнаб бинт Али бин Аби Талиб и сестры Хасана и Хусейна. Некоторые историки говорят, что Зайнаб уехала в Египет через несколько месяцев после битвы при Кербеле и пробыла там 9 месяцев, после чего умерла и была похоронена там, где сейчас место происшествия. Это святыня Сайиды Зайнаб бинт Али бин Аби Талиб, которую многие считают одной из самых важных исламских святынь в Египте.
Точно неизвестно, когда мечеть была построена на вершине могилы Сайиды Зайнаб. В исторических справках упоминается только то, что османский губернатор Египта Али-паша отремонтировал мечеть в 951 г. хиджры / 1547 г. н.э., а затем снова отремонтировал ее принц Абд аль-Рахман Катхуда в 1171 г. хиджры / 1768 г. н.э. и в 1940 г. н.э. Министерство вакуфов полностью снесло старую мечеть и построило существующую мечеть, поэтому мечеть не зарегистрирована как исламский памятник. Мечеть в то время состояла из семи коридоров, параллельных стене киблы, посередине которого находится квадратный двор, покрытый куполом, а на противоположной стороне стены киблы находится мавзолей Сайиды Зайнаб, да будет доволен ею Аллах. ее, окруженный медным забором и увенчанный высоким куполом. В 1969 году Министерство вакуфов увеличило площадь мечети вдвое.
Мечеть занимает большое место в сердцах египтян, и многие, особенно те, кто живет в регионах, далеких от Каира, считают посещение ее честью и благословением, о получении которого молятся Богу. Мечеть считается центром суфийских орденов и их последователей. И каждый год в месяц Раджаб проводится рождение Сайиды Зайнаб. Тысячи людей стекаются на площадь Сайиды Зайнаб, проводятся торжества, и облик площади полностью меняется за несколько дней.
Мечеть Сайида Зайнаб упоминается в романе известного египетского писателя Яхья Хакки «Кандил Умм Хашем». А «Ум Хашем» — это прозвище Сайиды Зайнаб бинт Али бин Аби Талиб. В романе рассказывается о деревенском молодом человеке, который в молодости вместе со своей сельской семьей приехал в Каир и жил недалеко от Мешхед ас-Сайда. Ось романа вращается вокруг способов лечения глазных болезней у жителей округи, большинство из них лечили с помощью масла медузы, которое зажигали внутри сцены и над могилой дамы. Повествование имеет много значений, но оно уточняет статус этой мечети, чтобы они были благословлены маслом.