Он родился в 186 г. до н.э. и занял пост своего отца в возрасте шести лет в 180 г. до н.э. После свадьбы в 175 г. до н.э. он и его сестра Клеопатра II были коронованы как боги-филометоры.
Птолемей Шестой был провозглашен царем на троне, титульное имя - Филоматор (что означает любовник своей матери), вместе с ним в правлении участвовали его сестра Клеопатра II и младший брат Птолемей VII. Во время его правления Рим (союзник Египта) напал на древнее царство Македония и вступил в большую войну с армией Персея, царя древнего царства Македония. Царь Сирии, подвластный Риму, полностью оккупировал Египет и перешел под его власть, а молодого Птолемея VI взял в плен и объявил себя царем над долиной Нила. Птолемей VI находился у власти под опекой своей матери, царицы Клеопатры Первой, до 176 года до н.э. M . Когда царица-мать умерла, Птолемей VI стал единственным правителем, и власть захватили два освобожденных дворцовых раба, а именно "Юлий" и "Линней". Когда царю исполнилось пятнадцать лет, он женился на своей сестре, "Клеопатре II", и короновал себя царем в 172 году до н.э. M . Он носил прозвище "Филометр", что означает любовник своей матери.
Внешняя политика Птолемея VI После вступления Птолемея VI на престол внешняя политика Египта изменилась. Клеопатра I призывала к нейтралитету Египта и умиротворению Селевкидов. Антиох IV, царь государства Селевкидов, лишил все шансы на мир, отказавшись продолжать выплачивать Птолемеям доходы от субрегиона Сирии в соответствии с тем, что было оговорено в дружбе его сестры после ее брака с Птолемеем V, и полностью отрицал существование какого-либо договора, который бы давал Птолемеям право собственности на этот регион, а с другой стороны, Антиох IV надеялся захватить Египет или, по крайней мере, навязать ему свою опеку. Тем временем Рим готовился к новой войне против Македонского государства, поэтому он отправил посольство к Филометру и Антиоху IV, чтобы узнать их позицию в этой войне, и оба царя заверили римских послов, что сохранят свою лояльность Риму. Когда назревала война между Птолемеями и Селевкидами, каждая из двух конфликтующих сторон направила в Рим дипломатическую миссию, и посланники Антиоха в сенате говорили о том, что они бросают вызов Птолемеям и их принципам агрессии. Что касается посланников Птолемеев, то им было поручено возобновить дружбу между Египтом и Римом. Эти два посольства указывают на степень влияния Рима в восточном Средиземноморье, и Рим, должно быть, использовал всю свою политическую изворотливость, подпитывая войну между Птолемеями и Селевкидами, чтобы они ослабли вместе и не вмешались в его войну против Македонии.