Depois de um longo caminho - de Farama a Delta - de dor e injustiça, mas com o Deus a cuidar da santa família de Jesus escapou para o Egipto, o que foi um grande acontecimento adicional na história do Egipto e a história é mencionada no 2º capítulo do Evangelho de São Mateus, começou quando um grupo de homens sábios decidiu fazer de Jesus - apesar de ele ser um bebé - como o seu novo deus que irritou o rei da Judéia Herodes e que planeou livrar-se dele. Um anjo avisou José e aconselhou-o a viajar de Belém para o Egipto, pelo que ele levou a Virgem Maria e começou a sua viagem para o Egipto.
Dirigiram-se para o Norte do Sinai até Farama, onde os lugares onde permaneceram foram agora transformados em mosteiros e igrejas. Depois disso, foram para Tel Basta onde Jesus bateu no chão e fez brotar água do nada, o que foi um milagre. Continuaram para Mostorod também chamado de El-Mahamaah, que significa o local de banho onde a Virgem Maria foi banhada no santo Jesus e limpou as suas roupas.
Belbas era o próximo destino onde descansavam e tinham ar fresco debaixo do sicómoro que recebeu o nome de "A Árvore da Virgem Maria". Ao atravessar o Nilo para a cidade de Samanoud, abençoou-a também com um poço de água. E em Sakha, diz-se que ele pôs o seu dedo sagrado numa pedra e dela veio água pura. Orientaram-se especificamente para Oeste para o Vale de Natroun, que foi o seu primeiro lugar para aprender a meditação e a castidade de Deus.
Finalmente, chegou aos distritos do Cairo em Matariyah e Ain Shams e escavou outro poço de água onde a Virgem Santa Maria lavou as roupas de Jesus e da sua água, a Árvore de Bálsamo ergueu-se. Depois disso seguiram para o velho Cairo, onde foram protegidos numa caverna e no seu lugar foi construída a Igreja de Abi Serja. E instalaram-se em Al-Maadi, onde a igreja da Virgem Maria foi construída perto do Nilo.
Navegaram para sul até Minya passando pela margem leste mais interior do Nilo até chegarem a Gabal-Al Kaf, onde o Mosteiro da Santa Virgem Maria teve lugar. Dizia que Jesus deixou uma palma numa pedra ali mesmo e do mesmo lugar a santa família tomou um barco para oeste para Qussqam em Assiut, onde o Mosteiro de Al-Moharraq se ergueu depois de lá terem passado seis meses. No mesmo local, no sonho de Jesus, um anjo mostrou e inspirou-o a voltar à Palestina porque o rei da Judéia Herodes estava morto.
E depois de terem passado 3 anos no Egipto, voltaram ao mesmo lugar para a Palestina.
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