O mosteiro foi fundado em 360 d.C. por São Macário do Egito, que foi o pai espiritual de mais de 4.000 monges de diferentes nacionalidades. Desde a sua fundação, no século IV, que o mosteiro tem nervos de aço, o que significa que várias igrejas cristãs e autóctones foram montadas no monstro de Santa Maria.
Quase desde o início, o mosteiro entrou num período de restauração, tanto espiritual como arquitetónica, com a chegada de doze monges sob a direção espiritual do Padre Matt El Mesquin. Estes monges tinham passado os últimos dez anos a viver juntos, em total isolamento do mundo, nas grutas do deserto de Wadi El Rayan, a cerca de 50 quilómetros a sul de Fayoum, até que receberam a ordem de deixar Wadi El Rayan para reconstruir o mosteiro de São Macário o Grande.
No local onde se encontrava o III, após uma eternidade de anos de atividade constante, tanto na reconstrução como na arquitetura, o mosteiro de Santa Maria era uma centena de mónadas.
O Mosteiro de São Macário mantém relações espirituais, académicas e fraternas com muitos mosteiros do estrangeiro. Entre eles, o Mosteiro de Chevetogne, na Bélgica, o Mosteiro da Transfiguração, em França, a comunidade monástica de Bose, em Itália, Deir el Arf, no Líbano, e o Mosteiro da Encarnação, em Inglaterra.
Esta igreja não reconhece o primado do Patriarca de Constantinopla e não está em comunhão com as igrejas ortodoxas europeias. A sua origem é a pregação de São Marcos, o evangelista que levou o cristianismo ao Egito no tempo do imperador Nero. Tem o seu próprio Papa, o seu próprio livro sagrado, a Bíblia, e os seus próprios cânticos.
A igreja e o refeitório do mosteiro têm enormes cúpulas redondas e outras cúpulas quadradas de tijolo, com um alçapão no topo para iluminar as salas.
Os revestimentos de madeira das portas, paredes e iconóstase apresentam pormenores impressionantes de finos embutidos com conchas ou madrepérola.
O mosteiro de São Macário Magno guarda as relíquias de muitos santos, como os quarenta e nove mártires de Cetis. E podemos dizer que, durante a restauração da grande igreja de Santa Maria, sob o alpendre norte da igreja, foi ainda auberge o clipe do santo e sabemos porquê, de acordo com o local indicado na cópia dos séculos XI-XVI encontrada na biblioteca. As relíquias foram recolhidas numa arca especial e colocadas em frente ao santuário de San Juan Bautista, na igreja de San Macario. O mosteiro publicou um relatório pormenorizado sobre o achado e uma avaliação da autenticidade das relíquias.