Os ritos religiosos continuaram a ser realizados nesta grande mesquita, e só foi suspensa no início do século XVI d.C., devido à sua vasta área e à incapacidade do Estado de a gastar, e um dos resultados disso foi que o estado da mesquita piorou e foi destruída, pelo que os otomanos a transformaram num armazém para missões de guerra, tais como tendas, selas, e outras, e durante a era da campanha francesa A mesquita transformou-se num castelo e quartel para os soldados, e a mesquita era conhecida nessa altura como Castelo Sikovsky, e na era de Muhammad Ali, a mesquita transformou-se num campo para uma seita e uma padaria para rações, e depois disso foi utilizada como fábrica de sabão.
No ano de 1812, as colunas de mármore da mesquita, bem como algumas das suas pedras, foram movidas para construir o pórtico de Al-Sharaqwa na Mesquita de Al-Azhar, com base no desejo do Xeque Al-Sharqawi, como mencionado no livro "Mesquitas do Egipto e os seus Justos Guardiães". A ocupação britânica era uma padaria e depois um altar, e era conhecida e ainda é o "altar dos ingleses", embora o abate tivesse sido interrompido desde 1915 DC.
Em 1918, o Comité para a Preservação das Antiguidades Árabes tomou conta da mesquita, pelo que reparou e restaurou algumas das suas partes, especialmente a parte em redor do mihrab, e fez dela uma capela.
Apesar do que a Mesquita Baybars sofreu por negligência e mau uso, como acima mencionado, ainda atrai a admiração dos contempladores com a beleza da sua arquitectura e a grandiosidade dos seus edifícios, que aparecem à primeira vista na sua entrada memorial e nas suas inscrições em estuque.
A mesquita consiste num quadrado com um comprimento lateral de 100 metros e está rodeada por uma parede de pedra com uma altura de 11 metros. A parede é coberta por varandas de um metro e meio de altura, parte das quais permanece ainda no lado sul da mesquita. Os pilares da mesquita foram reforçados a partir do exterior com quatro torres, duas quadradas em ambos os lados A oriental e as outras duas são rectangulares, e as torres são sólidas, excepto a que ocupa o canto sudoeste, que é oco, pois é ocupada por uma escadaria que conduz ao telhado da mesquita. Quatro pequenas janelas foram abertas na última torre do lado ocidental, duas do lado sul, e duas do lado oriental, bem como a força da parede exterior com pilares.
A mesquita contém três entradas memoriais salientes na parede exterior, cuja entrada principal se encontra no meio do lado ocidental, enquanto as entradas norte e sul se situam apenas no meio do pátio da mesquita.
Como diz o livro "Mesquitas do Egipto e Seus Justos Guardiães", a entrada principal é considerada uma obra-prima arquitectónica maravilhosa, pois tem aproximadamente 12 metros de largura, e no meio da entrada encontra-se uma porta com nós de 3,95 metros de largura e decorada com castanholas lobadas, e estava centrada em duas colunas de mármore que agora se perdem, e em ambos os lados desta porta estão Na parte inferior há dois arcos rectangulares encimados por duas filas de pingentes, e no seu interior estão duas cavidades sobrepostas por um arco lobado.
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