Il monastero fu fondato nel 360 D.C. da San Macario D'Egitto, padre spirituale di oltre 4.000 monaci di varie nazionalità. Fin dalla sua fondazione nel IV secolo è stata abitata ininterrottamente da monaci, il che significa che diversi santi cristiani e primi Padri della Chiesa erano monaci nel monastero di San Macario.
Quasi fin dall'inizio, il monastero entrò in un'epoca di restaurazione, sia spirituale che architettonica, con l'arrivo di dodici monaci sotto la guida spirituale di padre Mutt El Meskin. Questi monaci hanno trascorso gli ultimi dieci anni a vivere insieme in completo isolamento dal mondo, nelle grotte deserte di Wadi El-Ryan, a circa 50 km (31 miglia) a sud di Fayum, fino a quando non è stato ordinato loro di lasciare Wadi El-Ryan e dirigersi verso il Monastero di San Macario il grande per il suo restauro.
Sotto papa Shenoud III, dopo quattordici anni di costante attività sia nella ricostruzione che nel rinnovamento spirituale e architettonico, la comunità monastica del monastero di San Macario conta circa cento monaci.
Il Monastero di San Macario mantiene relazioni spirituali, accademiche e fraterne con molti monasteri all'estero. Tra cui il Monastero di Chevetogne in Belgio, il monastero della Trasfigurazione in Francia, la comunità monastica di Bose in Italia, Deir el-ARF in Libano e il monastero Dell'incarnazione in Inghilterra.
Questa chiesa non riconosce il primato del Patriarca di Costantinopoli e non è in comunione con le Chiese ortodosse europee. Ha le sue origini nella predicazione di San Marco, l'Evangelista che portò il cristianesimo in Egitto al tempo dell'imperatore Nerone. Ha il suo papà, il suo libro sacro-la Bibbia e le sue canzoni.
La Chiesa e il refettorio o la sala da pranzo del monastero hanno enormi cupole rotonde e altre cupole quadrate in mattoni, con un portello in cima per illuminare gli spazi.
La decorazione in legno di porte, pareti e iconostasi ha dettagli impressionanti di intarsi sottili con conchiglie o madreperla.
Il Monastero di San Macario il Grande ospita le reliquie di molti santi, come i quarantanove Martiri di Cetis. E possiamo dire che durante il restauro della grande chiesa di San Macario, sotto la parete nord della chiesa, furono scoperte la Cripta di San Giovanni Battista e la Cripta del profeta Eliseo, secondo il luogo indicato nei manoscritti DELL'XI-XVI secolo trovati nella Biblioteca del monastero. Le reliquie furono raccolte in un'Arca speciale e poste di fronte al Santuario di San Juan Bautista nella Chiesa di San Macario. Il monastero ha pubblicato un resoconto dettagliato di questo ritrovamento e una valutazione dell'autenticità delle reliquie.