Le monastère a été fondé en 360 après JC par Saint Macaire d'Égypte, qui était le père spirituel de plus de 4 000 moines de différentes nationalités. Depuis sa Fondation au ive siècle, il a été habité sans interruption par des moines, ce qui signifie que plusieurs saints chrétiens et les premiers pères de l'Église étaient des moines au monastère de Saint-Macaire.
Presque dès le début, le monastère est entré dans une ère de restauration, à la fois spirituelle et architecturale, avec l'arrivée de douze moines sous la direction spirituelle du père Matt El Meskin. Ces moines ont passé les dix dernières années à vivre ensemble dans l'isolement total du monde, dans les grottes désertes de Wadi El Ryan, à environ 50 km au Sud de Fayoum, jusqu'à ce qu'on leur ordonne de quitter Wadi El Ryan et de se rendre au monastère de Saint-Macaire le Grand pour le restaurer.
Sous le Pape Chenoud III, après quatorze ans d'activité constante tant dans la reconstruction que dans le renouvellement spirituel et architectural, la communauté monastique du monastère de Saint-Macaire compte une centaine de moines.
Le monastère de San Macario entretient des relations spirituelles, académiques et fraternelles avec de nombreux monastères à l'étranger. Y compris le monastère de Chevetogne en Belgique, le monastère de la transfiguration en France, la communauté monastique de Bose en Italie, Deir El-ARF au Liban et le monastère de l'Incarnation en Angleterre.
Cette église ne reconnaît pas la primauté du Patriarche de Constantinople et n'est pas en contact avec les églises orthodoxes européennes. Il provient de la prédication de Saint Marc, l'évangéliste qui a apporté le christianisme en Égypte à l'époque de l'empereur Néron. Elle a son propre Père, son propre livre sacré - la Bible et ses propres chansons.
L'église et le réfectoire ou la salle à manger du monastère ont d'énormes dômes ronds et d'autres dômes carrés en briques, avec une trappe sur le dessus pour éclairer les pièces.
Les finitions en bois des portes, des murs et de l'iconostase présentent des détails impressionnants avec de fines incrustations de coquillages ou de nacres.
Le monastère de Saint-Macaire le Grand abrite les reliques de nombreux saints, par exemple les quarante-neuf martyrs de Cetis. Et nous pouvons dire que lors de la restauration de la grande église de Saint-Macaire, sous le mur Nord de l'église, la crypte de Saint-Jean-Baptiste et la crypte du prophète Élisée ont été découvertes, selon le lieu indiqué dans les manuscrits des Xie et XVIe siècles trouvés dans la bibliothèque du monastère. Les reliques ont été rassemblées dans une arche spéciale et placées devant le sanctuaire de San Juan Bautista dans l'église de San Macario. Le monastère a publié un compte rendu détaillé de cette découverte et une évaluation de l'authenticité des reliques.