Les rites religieux ont continué à se dérouler dans cette grande mosquée, et elle n'a pas été suspendue jusqu'au début du XVIe siècle de notre ère, en raison de sa grande superficie et de l'incapacité de l'État à y consacrer des dépenses, et l'un des résultats de cela a été que l'état de la mosquée a empiré et a été détruit, alors les Ottomans l'ont transformé en un entrepôt pour les missions de guerre telles que les tentes, selles, et autres, et à l'époque de la campagne de France, la mosquée s'est transformée en château et en caserne pour les soldats, et la mosquée était connue à cette époque sous le nom de château Sikovsky, et à l'époque de Muhammad Ali, la mosquée s'est transformée en camp pour une secte et en boulangerie pour les rations, puis elle a été utilisée après cela comme une usine de savon.
En 1812, les colonnes de marbre de la mosquée, ainsi que certaines de ses pierres, ont été déplacées pour construire le portique d'Al-Sharaqwa dans la mosquée Al-Azhar, selon le désir du cheikh Al-Sharqawi, comme mentionné dans le livre "Mosques of Egypt and Their Righteous Guardians". L'occupation britannique fut une boulangerie, puis un autel, et il était connu et est toujours l'"autel des Anglais", bien que les abattages aient été arrêtés depuis 1915.
En 1918, le Comité pour la préservation des antiquités arabes a repris la mosquée, il a donc réparé et restauré certaines de ses parties, notamment celle qui entoure le mihrab, et en a fait une chapelle.
Malgré ce que la mosquée Baybars a subi de négligence et de mauvaise utilisation, comme mentionné ci-dessus, elle attire toujours l'admiration des observateurs par la beauté de son architecture et la grandeur de ses bâtiments, qui apparaissent à première vue dans son entrée commémorative et ses inscriptions en stuc.
La mosquée consiste en un carré de 100 mètres de côté, entouré d'un mur de pierre de 11 mètres de haut. Le mur est surmonté de balcons d'un mètre et demi de haut, dont il reste une partie sur le côté sud de la mosquée. Les piliers de la mosquée ont été renforcés de l'extérieur par quatre tours, deux carrées de part et d'autre du côté oriental et les deux autres rectangulaires. Les tours sont pleines, sauf celle qui occupe l'angle sud-ouest, qui est creuse, car elle est occupée par un escalier qui mène au toit de la mosquée. Quatre petites fenêtres ont été ouvertes dans la dernière tour sur le côté ouest, deux sur le côté sud, et deux sur le côté est, ainsi que la solidité du mur extérieur avec des piliers.
La mosquée contient trois entrées commémoratives bien en vue sur le mur extérieur, dont l'entrée principale se trouve au milieu du côté ouest, tandis que les entrées nord et sud se trouvent au milieu de la cour de la mosquée uniquement.
Comme le dit le livre "Mosques of Egypt and Their Righteous Guardians", l'entrée principale est considérée comme un merveilleux chef-d'œuvre architectural, car elle mesure environ 12 mètres de large, et au milieu de l'entrée se trouve une porte nouée d'une largeur de nœud de 3,95 mètres et décorée de castagnettes lobées, et elle était centrée sur deux colonnes de marbre qui sont maintenant perdues, et des deux côtés de cette porte se trouvent En bas, il y a deux arcs rectangulaires surmontés de deux rangées de pendentifs, et à l'intérieur, il y a deux cavités surmontées d'un arc lobé.
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