Das Kloster wurde 360 n. Chr. vom heiligen Makarios von Ägypten gegründet, der der geistliche Vater von mehr als 4 000 Mönchen verschiedener Nationalitäten war. Seit der Gründung im 4. Jahrhundert wurde es kontinuierlich von Mönchen bewohnt, dh mehrere christliche Heilige und frühe Kirchenväter waren Mönche im Kloster des Heiligen Makarios.
Fast von Anfang an trat das Kloster mit der Ankunft von zwölf Mönchen unter der geistigen Leitung von Pater Matt El Mesquin in die Zeit der Wiederherstellung ein, sowohl geistig als auch architektonisch. Diese Mönche verbrachten die letzten zehn Jahre damit, völlig isoliert von der Welt zusammen zu leben, in den Wüstenhöhlen von Wadi El Ryan, etwa 50 km südlich von Fayum, bis sie befohlen wurden, Wadi El Ryan zu verlassen und sich zum Kloster des Heiligen Makarios des Großen zu begeben, um ihn wiederherzustellen.
Nach vierzehn Jahren ständiger Renovierung und geistiger und architektonischer Erneuerung hat die Klostergemeinschaft des Klosters St. Makarius etwa hundert Mönche unter Papst Shenoud III.
Das Kloster San Makario unterhält spirituelle, akademische und brüderliche Beziehungen zu vielen Klöstern im Ausland. Darunter das Kloster Chevetogne in Belgien, das Verklärungskloster in Frankreich, die Mönchsgemeinde Bose in Italien, Deir el Harf im Libanon und das Inkarnationskloster in England.
Diese Kirche erkennt die Überlegenheit des Patriarchen von Konstantinopel nicht an und steht nicht in Verbindung mit den europäisch-orthodoxen Kirchen. Es stammt von der Predigt des heiligen Markus, eines Evangelisten, der das Christentum zur Zeit von Kaiser Nero nach Ägypten brachte. Sie hat ihren Vater, ihr eigenes heiliges Buch, die Bibel und ihre eigenen Lieder.
Die Kirche und das Refektorium oder Esszimmer des Klosters haben riesige runde Kuppeln und andere quadratische Kuppeln aus Ziegeln, mit einer Luke an der Oberseite, um die Räume zu beleuchten.
Die Holzveredelung von Türen, Wänden und Ikonostasen hat beeindruckende Details einer feinen Einlage mit Muscheln oder Perlmutt.
Im Kloster des Heiligen Makarios des Großen werden die Reliquien vieler Heiligen aufbewahrt, zum Beispiel der neunundvierzig Märtyrer von Cetisus. Und wir können sagen, dass während der Restaurierung der großen Kirche St. Makarios unter der Nordwand der Kirche die Krypta des Heiligen Johannes des Täufers und die Krypta des Propheten Elisa gefunden wurden, entsprechend der Stelle, die in den in der Bibliothek des Klosters gefundenen Manuskripten aus dem XI-XVI Jahrhundert angegeben ist. Die Reliquien wurden in einer speziellen Arche gesammelt und vor dem Heiligtum von San Juan Bautista in der Kirche von San Makario platziert. Das Kloster veröffentlichte einen detaillierten Bericht über diesen Fund und eine Bewertung der Echtheit der Reliquien.